Skal du foretage en længere rejse i Japan, evt. kombineret med leje af bil, kan det ofte svare sig at flyve indenrigs. Hvis du for eksempel vil rejse rundt på øen Kyushu, kan du tage et fly til en øens større byer og så fortsætte fra lufthavnen i udlejningsbil. Eller du kan rejse videre med tog og/eller bus.
De to officielle flyselskaber er JAL og ANA, men i dag er der mange forskellige billigere alternativer, som for eksempel Skymark. Er dit udgangspunkt Tokyo, skal du være opmærksom på, at nogle af indenrigsflyene afgår fra Narita Airport, mens andre flyver fra Haneda Airport.
Skal du direkte videre fra en anden lufthavn end den, du lander i, kan du tage en bus mellem de to. Men det er naturligvis ikke gratis, så derfor, når du sammenligner de forskellige indenrigstilbud, skal du lægge mærke til, hvor flyet går fra, så du kan tage prisen på en evt. bustur med i dine beregninger. Bedst er det naturligvis, hvis du kan flyve videre fra den lufthavn, du lander i.
Ønsker du at tilbringe nogle dage i Tokyo, før du fortsætter rejsen, kan det være en fordel at vælge et fly, der afgår fra Haneda Airport. Det er der to grunde til.
For det første ligger Haneda meget tættere på Tokyo end Narita. Kun 13 min med monorail fra Hamamatsu-cho Station, som igen er 6 min med Yamanote ringbane fra Tokyo Station. Japan Rail Pass kan bruges i begge tilfælde.
Den anden årsag er, at det i sig selv er en stor oplevelse, at køre med monorail-banen, da den kører oppe i luften og har en formidabel udsigt, som absolut er værd at tage med.